在好友风间彻的邀请下，野原新之助与妮妮、阿呆、正男一同进入了以培养未来精英为目标的“天下春日部学院”进行短期体验。这所学校设施先进、规则严格，充满了精英学子。然而，看似完美的校园里却怪事频发，一系列难以解释的神秘事件接连发生。面对突如其来的谜团，春日部防卫队再次集结。小新以其无厘头的直觉和行动力，风间凭借其出色的分析能力，妮妮、阿呆和正男也各展所长，深入调查。他们将穿梭于学院宏伟的建筑与复杂的社团活动中，在严格的校规与古怪的现象间寻找线索。本片将校园生活与冒险解谜巧妙结合，在延续《蜡笔小新》系列一贯的爆笑风格基础上，融入悬疑元素。影片通过春日部防卫队的视角，探讨了友谊、成长与接纳自我的主题，在一连串令人捧腹又紧张刺激的事件中，带领观众揭开“花之天下春日部学院”隐藏的真正秘密与温情。