在《钢之炼金术师》TV动画结局之后，故事分成了两条平行的主线。哥哥爱德华·艾尔利克为了找回弟弟的身体，选择穿过“门”，抵达了1923年一战后的德国慕尼黑。在这个科学取代炼金术的现实中，他孤独地寻找着回归的方法，并意外卷入了当地社会动荡与纳粹崛起的阴影中。与此同时，留在炼金术世界的弟弟阿尔方斯·艾尔利克，在温莉等人的帮助下，持续研究着哥哥的去向与“门”的奥秘。当一种被称为“香巴拉”的神秘力量传说在两个世界同时浮现时，分隔两地的兄弟二人发现，他们的命运被更深层的力量所连接。一场跨越两个世界的巨大阴谋逐渐显露，他们必须运用各自的智慧与信念，对抗企图利用“门”的力量征服一切的敌人，为最终的团聚与两个世界的和平而战。