由于委托稀少，毛利侦探事务所门庭冷落，小兰不得不精打细算度日，小五郎则靠反复观看自己电视节目的录像打发无聊时光。某日，事务所收到一个神秘包裹，小五郎对此包裹的内容异常保密，引起了柯南和小兰的好奇。紧接着，一通匿名电话打入事务所，柯南接听后，事件开始急速展开。这通电话将众人引向一场围绕珍贵钻石的复杂谜团。很快，怪盗基德的身影出现在事件中，发出了华丽的盗窃预告。为了应对基德的挑战，关西的高中生侦探服部平次也受邀前来。于是，柯南与平次这对东西侦探组合再次联手，他们必须解开基德设下的层层谜题与机关，追踪失踪钻石的下落，并阻止基德的计划。一场智力与技巧的巅峰对决就此拉开序幕。