在草薙素子离开后，公安9课的巴特与侦探出身的陀古萨成为新搭档。一系列机器人偶杀害主人并随后自杀的案件引起了他们的注意，由于受害者家属均未提起公诉，且死者中不乏政客与公安高官，9课决定秘密介入调查。调查引导巴特与陀古萨进入一个由尖端科技与底层社会交织的灰色地带。他们发现这些杀人人偶均来自一个名为“乐园”的偏远工厂，其行为似乎与某种深层的程序指令或“幽灵”有关。案件背后牵扯出复杂的虚拟现实技术、记忆篡改以及关于灵魂是否可被复制的终极追问。影片延续了《攻壳机动队》系列的赛博朋克美学，以精致的动画画面和充满哲学意味的对话，深入探讨了在技术高度发达的未来，何以为人、意识何存的永恒主题。巴特在追寻真相的过程中，也不断反思自身与已融入网络世界的素子之间的关系。