《数码宝贝2》是《数码宝贝大冒险》的续作，故事时间设定在前作的三年后。随着太一、阿和等初代被选召孩子进入中学，数码世界新的危机再度浮现。黑暗之塔在世界各处出现，阻碍了数码宝贝的正常进化。新一代被选召孩子——本宫大辅、井上京、火田伊织登场，他们与太一的妹妹八神光、阿和的弟弟高石岳一同，肩负起拯救世界的重任。他们获得了全新的“装甲进化”能力，通过“数码装甲蛋”激发力量，对抗新的敌人。反派方面，出现了及川悠纪夫、黑暗暴龙兽等强大势力，其背后隐藏着更深的悲剧与阴谋。本季在延续友情、勇气主题的同时，深化了光明与黑暗的对抗，并探讨了希望与绝望的命题。初代角色们也会在关键时刻回归，两代被选召的孩子携手作战，共同守护两个世界的和平与未来。